Selecione o campo RESPEITA AS 2 HORAS INICIAIS (REGRA CLT SÃO PAULO) conforme a figura abaixo e confirme as alterações.
Para essa regra funcionar corretamente o campo Tipo de Lançamentos deverá ser configurado, para isso acesse Cadastros > Prestadores de Serviço > Prestadores de Serviço e clique no campo editar do colaborador desejado.
Na aba Produtividade na linha Tipo de Lançamentos escolha a opção Folha de Ponto, confirme as alterações.
Obs.: Para o Tipo de Lançamento Folha de Ponto o apontamento é feito manualmente, segue abaixo um exemplo de como ficará a folha de ponto com as horas adicionais.